In Mew vs. Mewtu geht es um ein im Labor geschaffenes Superpokémon, welches sich befreit und nach seiner wahren Identität sucht, nachdem es herausgefunden hat, das es nur von einem anderen Pokémon kopiert wurde. Nach mehreren Angriffen von bösen Wissenschaftlern und Team Rocket Mitgliedern entscheidet sich das Pokémon Mewtu dazu, die Weltherrschaft an sich zu reißen und alle anderen Lebewesen zu eleminieren...